A Bowen talán legalapvetőbb és legfontosabb hatása, amit a Vegetatív Idegrendszerre fejt ki, ahol a szervezet öngyógyító mechanizmusainak irányító központja van.

Az Autonóm Idegrendszer ellenőrzi a testfunkciók több mint 80%-át , és nagyon érzékeny a külső stresszhatásokra. Napjainkban a legtöbb ember a folyamatos stressz és a szimpatikus idegrendszer túlingerlésének állapotában él.

A lényeg pedig az, hogy a 

gyógyulási folyamatok akkor kezdődnek, amikor az Autonóm Idegrendszer paraszimpatikus módba vált át.